菌种在使用和传代过程中容易发生污染、变异甚至死亡,因而常常造成菌种的衰退,并有可能使优良菌种丢失。菌种保藏的重要意义就在于尽可能保持其原有性状和活力的稳定,确保菌种不死亡、不变异、不被污染,以达到便于研究、交换和使用等诸方面的需要。
菌种保藏是将微生物菌种采用适宜的方法妥善保藏，避免其死亡、污染，并保持其原有性状基本稳定的一种实验方法，也是微生物实验室极为重要的一项基础性工作。
甘油冷冻保藏菌种是目前实验室应用为广泛的一种的菌种保藏方法，原理是以甘油为保护剂，低温冷冻条件下，使微生物的新陈代谢趋于停止，从而达到长期有效的保藏。一般来说，保藏温度越低，保藏效果越好，目前实验室大都采用-80℃（-70℃）冰箱保藏。主要有以下注意事项：
1.选择合适的培养基
勿使用选择性培养基。一般使用非选择性的增菌培养基，因为微生物在选择性培养基中生长某些生物特性可能丢失，保藏的菌种的生物特性可能与标准菌株特性不同。
2.菌液的浓度
菌液的浓度一般越大，菌种保存时间越长。保藏时细菌常使用菌液，霉菌常用无菌水或生理盐水制备成的孢子悬液。
3.甘油浓度
甘油终浓度一般为10%~20%。由于甘油原液太粘稠，需要配制合适的甘油-水溶液，将菌悬液与甘油以1:1的体积比充分混匀后，分装至提前灭菌好的保藏管中，-80℃（-70℃）冰箱保存。
4.反复使用
对菌种进行保藏时注意“慢冻快化”，冷冻时降温速率保持1℃/min,复苏时用37℃水浴融化，能够保证菌种大的成活率。当冷冻菌种融化后，应避免再次冷冻，否则菌体的生存率会大幅度降低。
5.保存时间
该方法适合中长期菌种保藏，保藏时间一般为2-4年左右。
