荧光定量PCR使用特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。在PCR扩增过程中，探针被酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，荧光监测系统即可接收到荧光信号，从而实现荧光信号的累积与PCR产物形成同步。